Rozliczanie VAT z organami podatkowymi odbywa się poprzez przesyłanie dokumentu elektronicznego, który obejmuje deklarację VAT i ewidencje VAT. W efekcie deklaracja stanowi elektronicznie integralną część pliku JPK, zawierającego dane obejmujące zapisy w ewidencji VAT.

Podatnicy składający deklaracje za okresy:

• miesięczne obowiązani są przesyłać ewidencję i deklarację za każdy miesiąc, w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po każdym miesiącu (plik JPK_VAT7M),
• kwartalne obowiązani są przesyłać:

• ewidencje za pierwszy i drugi miesiąc danego kwartału – w terminie do 25. dnia miesiąca następującego odpowiednio po każdym z tych miesięcy,
• ewidencję i deklarację za kwartał – w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po każdym kwartale (plik JPK_VAT7K).

JPK_VAT zawiera:

• zestaw informacji o zakupach i sprzedaży, który wynika z ewidencji VAT za dany okres,
• pozycje z deklaracji VAT,
• dodatkowe dane, niezbędne do analizy poprawności rozliczenia przez organ podatkowy.

W przypadku wystąpienia w przesłanym pliku JPK_VAT błędów, stwierdzonych przez:

• podatnika – konieczne jest przesłanie korekty ewidencji w terminie 14 dni od dnia stwierdzenia, że przesłana ewidencja zawiera błędy lub dane niezgodne ze stanem faktycznym, lub zmiany danych zawartych w przesłanej ewidencji,
• naczelnika urzędu skarbowego - konieczne jest w terminie 14 dni od dnia doręczenia podatnikowi wezwania naczelnika urzędu skarbowego przesłanie korekty ewidencji lub złożenie wyjaśnień wskazujących, że ewidencja nie zawiera błędów, o których mowa w wezwaniu.

Jeżeli podatnik, wbrew obowiązkowi:

• nie prześle ewidencji skorygowanej w zakresie błędów wskazanych w wezwaniu lub nie złoży wyjaśnień, albo zrobi to po terminie,
• w złożonych wyjaśnieniach nie wykaże, że ewidencja nie zawiera błędów, o których mowa w wezwaniu,

naczelnik urzędu skarbowego może nałożyć na podatnika, w drodze decyzji, karę pieniężną w wysokości 500 zł za każdy błąd (kara pieniężna powinna zostać uiszczona bez wezwania naczelnika urzędu skarbowego w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji).

Kara pieniężna nie zostanie wymierzona wobec podatników będących osobami fizycznymi prowadzącymi działalność gospodarczą, które za ten sam czyn ponoszą odpowiedzialność za wykroczenie skarbowe lub przestępstwo skarbowe.